Pacjent jest przyjmowany do szpitala na około 2 tygodnie przed planowanym przeszczepieniem. Po przeprowadzeniu badań wstępnych rozpoczyna się faza właściwego przygotowania do przeszczepienia komórek macierzystych. Na 7-10 dni przed przeszczepieniem Pacjent jest przenoszony na oddział, na którym przeszczepienie zostanie dokonane. Tam poddawany jest chemioterapii i radioterapii. Celem tych zabiegów jest zniszczenie chorych komórek oraz wytłumienienie systemu immunologicznego po to, aby uniknąć odrzucenia przez organizm Pacjenta komórek macierzystych Dawcy.
Kiedy system immunologiczny Pacjenta jest maksymalnie osłabiony, dalszy etap przygotowania Pacjenta do przeszczepienia powinien odbywać się w pomieszczeniu wolnym od szpitalnych bakterii. Należy uczynić wszystko, aby zmniejszyć ryzyko infekcji do minimum. Na tym etapie Pacjent jest zależny od komórek macierzystych Dawcy, które pozwolą jego organizmowi na samoistną produkcję krwi.