Dolegliwości w przypadku pobrania szpiku kostnego są głównie wynikiem punkcji szpiku. Bóle występują z reguły bezpośrednio po pobraniu i mogą się znacznie wahać - zarówno pod względem czasu trwania, jak i intensywności (często opisywane jest uczucie zbliżone od uderzenia o krawędź stołu). Zazwyczaj ustępują po kilku dniach.
W przypadku pobrania komórek macierzystych z krwi obwodowej dochodzi do stymulacji komórek macierzystych przez czynnik wzrostu G-CSF, który występuje również naturalnie w organiźmie również w innych sytuacjach, np. podczas infekcji. W związku z tym występować mogą symptomy grypopodobne. Zażycie środka przeciwbólowego eliminuje je w skuteczny sposób.