W trakcie przygotowywania Pacjenta do przeszczepienia mogą wystąpić objawy będące skutkami ubocznymi chemioterapii czy też radioterapii, takie jak mdłości czy wymioty. Bezpośrednio po przeszczepieniu istnieje podwyższone ryzyko infekcji, ponieważ system immunologiczny Pacjenta jest bardzo osłabiony i po przeszczepieniu bardzo powoli się odbudowuje. Niestety mogą też nastąpić nawroty choroby, kiedy nie wszystkie komórki nowotworowe zostały zniszczone.
Po przeszczepieniu może okazać się również, że układ odpornościowy Dawcy atakuje organizm Biorcy (choroba „przeszczep przeciw gospodarzowi”). Mogą pojawić się komplikacje o różnym stopniu nasilenia.
Dla bezpieczeństwa, Dawca, który oddał komórki macierzyste jest zarezerwowany dla Pacjenta przez okres dwóch lat na wypadek nawrotu choroby lub konieczności ponownego oddania komórek z powodu odrzucenia przeszczepienia.