W celu zredukowania ryzyka infekcji przeszczepienie odbywa się w specjalnym, odizolowanym gabinecie zabiegowym. Przeszczepienie powinno odbyć się w ciągu 48 godzin od pobrania komórek macierzystych lub szpiku kostnego od Dawcy. „Dzień zero“ to dzień, w którym przetransferowane są komórki macierzyste.
