Istnieją dwie metody pozyskania krwiotwórczych komórek macierzystych.
Pierwsza z nich to pobranie komórek macierzystych z krwi obwodowej (tzw. pobranie peryferyczne, afereza). Metoda ta stosowana jest w 90% przypadków. Zazwyczaj wiąże się ona z jednodniową wizytą w klinice pobrania. W przypadkach kiedy w ciągu jednego dnia nie uda się zebrać wystarczającej ilości komórek macierzystych, konieczne jest powtórzenie procesu kolejnego dnia.
Drugą metodą jest pobranie komórek macierzystych z talerza kości biodrowej. Metoda ta wiąże się z 2-3 dniowym pobytem w szpitalu ze względu na konieczność znieczulenia ogólnego.